Weinbau an Saale und Unstrut ist 998 erstmals urkundlich verbürgt, Otto III. schenkte dem Benediktinerkloster Memleben sieben Orte mit all seinen beweglichen und unbeweglichen Gütern, wobei auch ausgedehnte Weinländerein erwähnt werden. Es wird aber angenommen dass fränkische Krieger und Missionare den Weinbau schon nach 531 an Saale und Unstrut einführten (GRÖßLER, H., 1903). In der Folge waren es vor allem die Mönche des Zisterzienser-Klosters Sancta Maria ad Portam (heute Schulpforte) die den Weinbau an der Saale weiterentwickelten. Nach der Gründung der Abtei 1137, war bereits 1153 der heute noch bewirtschaftete Köppelberg aufgerebt. Nachweislich förderten vornehmlich die Klöster den Weinbau, so gab es wenigstens 99 Klöster, Stifte, Domkapitel und andere geistliche Grundbesitzer, die im 12.–16. Jh. Rebländereien im Gebiet besaßen. Neben den Klöstern, Fürsten und Adligen brachten später auch die wohlhabenden Bürger der aufblühenden Handelsstädte den Weinbau voran. Zu Beginn des 16. Jahrhunderts soll die berebte Fläche mehr als 10.00 ha betragen haben. Wein war zu dieser Zeit nicht nur Privileg sondern auch Ernährungsgrundlage der Bevölkerung, Trinkwasser war knapp so war der keimfreie Wein einzige Alternative. Zu dieser Zeit war das System der Halbpacht allgegenwärtig, dabei beließ der Grundherr (Klöster, Adlige, wohlhabende Städtebürger) einem Bearbeiter den Weinberg, der ihm als Pachtzins die Hälfte des Ertrages überlassen musste. Darunter litt die Qualität des Erntegutes, so dass bereits 1551 erste Weinbergsordnungen, die auf die gute Bewirtschaftung der Halbberge durch die Pächter abzielten, eingeführt wurden.
Zahlreiche Kriege, Missernten, die Verdrängung der Reben durch Kartoffeln, Roggen, und Hopfen, neue Getränke wie Bier und Schnaps und der Import von Kaffe, Kakao und Tee dezimierten die Anbauflächen. Der heimische Weinbau war unwirtschaftlich, das Sprichwort "Wo ein Pflug kann gehn, kein Wein soll stehn". Zusätzlich wurde besserer und preiswerter Wein importiert.
Nach dem Wiener Kongress von 1815 kam das Gebiet in preußischen Besitz, strenge Kontrollen und Einfuhrzölle förderten Produktion und Aufrebung. Mit der Gründung des Deutschen Zollvereins 1834 wurde der Schutzzoll aufgehoben und die Konkurrenz hielt wieder Einzug. Ab dem Jahre 1835 bemühten sich die Mitglieder der Naumburger Weinbaugesellschaft um eine Verbesserung der Anbaumethoden und neue Rebsorten und deren Erprobung. Als herausragende Person ist dabei Naumburger Oberkämmerer und Weinbauexperte A. Thränhardt, welcher 1876 von Bismarck zum Mitglied der Reblaus-Kontrollkommission berufen wurde, zu nennen. In Diese Zeit fällt 1856 auch die Gründung der Sektfabrik Kloss & Förster die heute unter dem Namen Rotkäppchen Sektkellerei bekannt ist.
Die Einschleppung von Oidium und Peronospora Ende des 18. Jahrhunderts und schließlich der Einfall der Reblaus 1887 stellten einen schweren Schlag gegen den Weinbau dar. Die Reblaus breitete sich rasend schnell aus und das Gebiet wurde zum 1. Reblausseuchengebiet Deutschlands erklärt, standen vor der Jahrhundertwende noch mehr als 1.000 ha unter Reben waren es 1912 nur noch 100 ha. Im Jahre 1919 wurde die Biologische Reichsanstalt in Naumburg angesiedelt, hier bewies C. Börner, dass Amerikanerreben Reblausresistenzen aufwiesen und forcierte die Unterlagenzüchtung. Ab dem Jahre 1923 wurde der Pfropfrebenanbau in Deutschland zugelassen und ein Weg aus der Reblauskatastrophe war gefunden. Durch staatliche Förderung kam es zu einem neuerlichen Aufschwung, so wurde 1923 in der Lehranstalt für Garten- Obst und Weinbau der Landwirtschaftskammer für die Provinz Sachsen ein Weinbauabteilung ins Leben gerufen, aus welcher sich die 1934 gegründete Winzergenossenschaft Freyburg entwickelte.
Nachdem nach 1945 der Weinbau nur durch den Idealismus der Freizeitwinzer überleben konnte, wurde der Weinbau ab Anfang der 60-er Jahre staatlich gefördert. 1986 wurde mit 480 ha Reben ein zwischenzeitlicher Höhepunkt erreicht. Der darauf folgende "Polarwinter" 1987/88 vernichtete einen großen Teil der Rebanlagen.